Церковь Архистратига Божия Михаила в селе Нежинка Оренбургского района была освящена в 1910 году, 25 сентября по ст. ст. (8 октября по нов. ст.). Здание церкви построено из самодельных бетонных кирпичей. Пол был также из отполированного бетона, как и вся алтарная часть с амвоном. Внешне церковь напоминает корабль, выстроенный в готическом стиле. Необходимость постройки церкви в поселке Нежинка была вызвана отпадением в мусульманство старокрещенных нагайбаков (киргизов). На этот момент в селе действовала мечеть.
Церковь была построена на пожертвования местного населения и на пожертвования от дохода алебастрового завода. Стоимость церкви составила 30 тысяч рублей. Престол в церкви один, освященный во имя Святого Архистратига Божия Михаила. По штату в ней положены священники и псаломщики. Церковь действовала до 1934 года, потом была закрыта и частично разрушена. Была уничтожена колокольня, переделана крыша. Здание церкви было приспособлено для разных хозяйственных нужд. Использовалось для хранения зерна, потом в нем находилось МТС. Позже здание церкви использовалось как клуб, также в нем находился комбинат бытовых услуг, почта еще позже лыжно-спортивная база и в завершение «Центр досуга». Здание церкви неоднократно перестраивалось под нужды пребывающих так организаций, они изменяли внешний и внутренний стиль, уничтожая церковную архитектуру и живопись.
В 2001 году селе Нежинка организовалась церковная община, а 10 января 2002 года была зарегистрирована Местная религиозная организация православный Приход храма Святого Архистратига Божия Михаила села Нежинка Оренбургского района Оренбургской области Оренбургской и Бузулукской Епархии Русской Православной Церкви (Московский Патриархат). С этого момента началась работа по возвращению здания церкви верующим. Этот вопрос был положительно решен лишь в 2007 году. 20 июня 2007 года администрация Оренбургского района передала здание церкви верующим, о чем был составлен соответствующий акт. К сентябрю 2007 года здание было освобождено от имущества «Центра досуга» и с 1 октября 2007 года началось возрождение церкви.